住宅取得等資金贈与の非課税制度と住宅ローン控除(所得税)は、併用することができます

ただし、住宅取得等資金贈与の非課税を受けた部分については、住宅ローン控除とダブル適用できないという仕組みになっているので、注意が必要です

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具体例で見てみましょう。

【前提】
住宅の新築の対価 : 4200万円(=土地1800万円+建物2400万円)
贈与を受けた住宅取得資金 : 500万円
住宅ローンの借入額 : 4000万円(その年の年末残高と同額と仮定)

併用の場合

住宅ローンの借入額(4000万円)と贈与を受けた住宅取得資金(500万円)の合計額(4500万円)が住宅の新築対価(4200万円)を超える場合には、

(1) まず、贈与を受けた住宅取得資金はすべて住宅の新築対価にあてられたと   考える

(2) ということは、住宅の新築対価を超える住宅ローンの借入部分は、住宅ローン控除の対象にすべきではない
   (住宅取得のために借入をするのを補助する制度であり、それ以外の使途は対象外)

ということで、超過部分については住宅ローン控除を受けることができません


「贈与税」と「所得税」という異なる税金の話なので、見落とされがちですが、借入額と贈与額の合計額が住宅新築対価を超えるかどうかを一度検討してみてください。


<参考>国税庁:タックスアンサー/住宅取得等資金の贈与を受けた場合 
 私は、住宅の取得に当たり親から住宅取得資金の贈与を受け相続時精算課税の特例を受けようと思います。住宅借入金等特別控除額の計算上、この住宅取得資金の贈与を考慮する必要はありますか。
 家屋の取得対価の額 3000万円
 単独名義での銀行からの住宅借入金 2500万円
 住宅取得資金の贈与を受けた金額 800万円
A1
  住宅借入金等特別控除の対象となる住宅借入金等は、「住宅の取得等に要する資金」に充てるためのものに限ります

 ご質問のように、相続時精算課税における住宅取得資金の贈与の特例の対象となる住宅取得資金が、住宅の取得対価に充てられており、借入金のうち家屋の取得対価の額から贈与を受けた住宅取得資金の額を差し引いた残額を超える部分については、住宅借入金等特別控除の対象となりません

 したがって、あなたが住宅取得資金の贈与を受けた800万円を家屋の取得等のために充て、相続時精算課税における住宅取得資金の贈与の特例の適用を受ける場合には、家屋の取得対価の額3000万円のうち800万円は当該住宅取得資金が充てられたことになります。

 そうすると、銀行からの住宅借入金2500万円全額を住宅借入金等特別控除の対象となる住宅借入金等とすることはできず、2200万円(3000万円-800万円)が住宅借入金等特別控除の対象となる住宅借入金等になります。

 なお、直系尊属から住宅取得等資金の贈与を受けた場合の非課税制度の特例を受けた場合も同様です。
国税庁の例では、「相続時精算課税制度」のことが書かれていますが、考え方は同じですね。